Экономическая действительность в целом, вся система хозяйственной практики составляет объект изучения для экономической теории. Через систему научных категорий и законов осуществляется структурная организация теоретического знания. Каждая наука познает свой предмет посредством системы методов — средств и способов, применяемых в процессе исследования.
Экономическая теория опирается на общенаучные методы познания. Отталкиваясь от простейших методов (наблюдение, сравнение, обобщение, группировка и т. д.), экономико-теоретические исследования развиваются, используя методы анализа и синтеза, индукции и дедукции, количественного и качественного подходов к экономическим явлениям, их исторического и логического осмысления. В экономической теории широкое применение находят методы моделирования, формализации, в том числе — математической формализации.
Особое значение для экономической науки имеет метод абстрагирования. Экономические процессы, как правило, очень сложны и многообразны, они развиваются под воздействием разнообразных причин. В ходе научного познания возникает задача выявления главных, сущностных элементов и сторон экономической действительности и отвлечения от второстепенных и малозначащих сторон. Эту задачу и решает операция абстрагирования, результатом которой становятся научные абстракции — понятия, категории, законы науки, отражающие сущность экономической действительности. Роль метода абстрагирования возрастает и вследствие того, что экономические интересы и противоречия не всегда обладают качеством непосредственной наблюдаемости; сущность интересов и противоречий часто скрыта за многими «слоями» внешних проявлений и деформаций.
Обобщенное выражение методология экономической науки находит в диалектико-материалистическом методе. Экономическая теория исходит из признания первичности роли материального производства, экономического базиса в функционировании и развитии общества. При этом сущность материальных процессов нельзя понять без учета их диалектической природы. Все экономические явления и процессы изменчивы, противоречивы, находятся в постоянном развитии, переходят из одного состояния в другое, испытывают многообразные взаимные влияния. Диалектический подход выявляет невозможность существования вечных «естественных», неизменных экономических систем.
В последние десятилетия усилилась методологическая роль таких научных направлений, как кибернетика, синергетика, системный подход. Продолжается разработка математических методов экономического анализа.
Конкретизация форм связи практики и теоретического знания проявляется в функциях экономической теории. Функции экономической теории определяются задачами науки в системе общественных взаимодействий. Основными являются три функции: познавательная, методологическая и мировоззренческая.
Главная задача экономической науки — познать сущность и закономерности функционирования и развития экономики. Этим определяется ведущая роль познавательной функции, которая предполагает объяснение сущности экономических процессов, прогнозирование их дальнейшего развития и моделирование оптимального состояния экономической системы. Объяснения и прогнозы относятся к тому, что объективно было, есть и может возникнуть; эти логические операции иногда объединяют понятием «позитивная функция» науки. Моделирование желательных и оптимальных состояний отражает то, что должно быть с точки зрения тех или иных социальных сил и субъектов; в связи с этим ведется речь о «нормативной функции» экономической теории.
Методологическая функция заключается в разработке, применении и научном обосновании способов и средств познания экономических процессов. Элементы теоретической системы, воспринимаемые в качестве истинных, превращаются в инструмент дальнейшего познания экономической практики. В этом проявляется диалектика предмета и метода науки: ранее полученное знание превращается в средство продолжающейся познавательной деятельности. Например, понимание категории стоимости позволяет выявить сущность и механизм функционирования всей системы рыночного хозяйства; сама эта категория становится средством познания экономической действительности, т. е. элементом метода.
Мировоззренческая (идеологическая) функция общей экономической теории обусловлена ее природой как общественной науки. В социально-экономически неоднородном обществе всегда существуют различия и противоречия материальных интересов отдельных людей, групп, классов, стремящихся к увеличению своей доли в присвоении ограниченных благ. Восприятие существующей экономической практики, оценка ее как справедливой или несправедливой, подлежащей укреплению и защите или критике и изменению, всегда присутствует, явно или неявно, в любых теоретических рассуждениях. Идеологически «нейтральную» экономическую теорию можно было бы создать лишь в обществе, где отсутствуют противоречия и борьба материальных интересов, но такие экономические системы не существуют.